Джедай мастер Йода и трое отважных солдат клонов должны лицом к лицу столкнуться с огромной армией дроидов, чтобы доказать силу и способность джедаев защитить планету и добиться мира для Республики.

Флот клонов терпит неудачи. Неожиданно десять кораблей погибают — никто не остается в живых. Ходят слухи о секретном оружии сепаратистов. Совет Джедаев посылает магистра Пло Куна для расследования. Он сталкивается с флагманом генерала Гривуса, оснащенным новым секретным оружием, выводящим из строя все электронные системы корабля. Гривус приказывает уничтожить всех выживших, чтобы сохранить секретность корабля, однако джедаю и группе клонов удается спастись в капсуле. На поиски отправляются Энакин Скайуокер и его падаван Асока Тано.

«Зловещий» продолжает уничтожать республиканские корабли и направляется к медицинской станции Республики. Энакин Скайуокер разрабатывает план по атаке корабля и уничтожению Генерала Гривуса.

Энакину Скайуокерy и его призрачной эскадрильи ценой огромных усилий удается серьезно повредить «Зловещий». На беззащитный крейсер нападает флот Оби-Вана Кеноби, однако благодаря хитрости Дарта Сидиуса генералу Гривусу удается захватить в плен сенатора Падме Амидалу.

Группа дроидов-диверсантов атакует базу слежения близ Камино, охраняемую лишь взводом клонов. На базу также направляются коммандор Коди и капитан Рекс с инспекцией. Превосходящие силы дроидов захватывают базу и транслируют сообщение о том, что все нормально. Теперь главная задача клонов — дать Республике знать о готовящемся вторжении на Камино.

Флотилия из трех джедайских крейсеров располагается в пространстве внутреннего планетарного кольца, окружающего Ботавуи. Флот Гривуса движется к системе. Поскольку численный перевес на стороне неприятеля, Кеноби советует Энакину отступить. Однако тот наотрез отказывается — когда это Энакин отступал? Он приготовил сюрприз для Гривуса: Но в конце сражения Энакин теряет управление истребителем и теряет R2-D2.

Энакин, Асока, отряд клонов и взятый на замену R2-D2 дроид R3-S6 ищут секретный пост прослушивания сепаратистов. Они улавливают сигнал, посланный R2-D2, который и приводит их на пост прослушивания. Начинается спасательная и в то же время диверсионная операция.