После того, как командующий Адама был подстрелен сайлонским агентом Бумер, врачи из последних сил борются за его жизнь. Президент Рослин отправлена в камеру, а полковник Тай вынужден справляться с ролью лидера во время кризиса. После внезапной атаки сайлонов "Галактика" совершает сверхсветовой прыжок и оказывается отрезанной от остального флота.

После успешного воссоединения с остальным флотом военные "Галактики" вынуждены столкнуться с Сайлонскми Центурионами, которые высадились на борт корабля во время последнего сражения.

В то время, как доктор Коттл борется за жизнь командующего Адамы, полковник Тай начинает понимать, что быть лидером это не только отдавать приказы. Кворум Двенадцати Колоний прибыл на борт "Галактики" и требует свидания с президентом Рослин, которая была арестована по приказу Адамы. Тем временем Ли Адама возглавляет миссию по спасению людей, оставшихся на Коболе.

Объявление полковником Таем военного положения угрожает разделить флот на две части. Кроме того он бросает главного старшину Тирола в камеру, подозревая, что тот сайлон и распускает Кворум, что заставляет другие корабли отказываться поставлять военным топливо и другие ресурсы.

Командующий Адама возвращается к своим обязанностям. Чтобы установить на флоте порядок, он должен вычислить, где спрятались президент Рослин и его сын, которые сбежали из тюрьмы на "Галактике" и скрылись на одном из кораблей флота (при помощи Тома Зарека). Не имея другого выбора, президент Рослин решает разыграть "религиозную карту", объявив, что она говорит от имени пророчицы Пифии.

Следуя за президентом Рослин и Томом Зареком, довольно большая часть флота совершает прыжок к Коболу. Старбак и Хило вместе с другой копией Бумер (которая ждет ребенка от Хило) присоединяются к ним. С помощью Стрелы Аполлона они надеются открыть гробницу Афины и найти дорогу к Земле.

Видя в Ли Адаме препятствие, правая рука Тома Зарека Мейер решает принять радикальные меры, чтобы очистить своему старому другу дорогу к власти. Тем временем Адама, решив воссоединить флот, отправляется на Кобол.